Nagroda przyznawana jest od 2004 roku i można ją otrzymać w jednej z dwóch kategorii: najlepsze opowiadanie roku (utwory o objętości maks. 180 tys. znaków) oraz najlepsza powieść roku (utwory o objętości min. 180 tys. znaków).

Głosowanie trwa do 30 października i odbywa się za pomocą wiadomości SMS, wysyłanej pod numer 71480 (koszt jednego smsa to 1,23 zł brutto). Wiadomość powinna zawierać trzy wybrane pozycje z danej kategorii, z których pierwsza otrzyma 10 punktów, druga - 5 punktów, a trzecia - 2 punkty. Listę pozycji wraz z przypisanymi im kodami można znaleźć poniżej, a szczegółowe informacje na temat głosowania w regulaminie.

Nautilus został stworzony przez Roberta J. Szmidta, redaktora czasopisma „Science Fiction”. Od 2010 roku, w związku z przejęciem czasopisma „Science Fiction”, organizatorem nagrody było wydawnictwo Fabryka Słów. Od bieżącego roku Nautilus jest organizowany przez Lubelskie Stowarzyszenie Fantastyki „Cytadela Syriusza”.